섹션 3b - 전체 예제
섹션 3b - 전체 예시 워크플로
생물정보학을 위한 Snakemake 입문
서문
감사의 말
섹션 1 - Snakemake 단계별 소개
설치 및 환경 설정
챕터 1 - Snakemake가 프로그램을 대신 실행해 줍니다!
챕터 2 - Snakemake가 규칙을 연결해 줍니다!
챕터 3 - Snakemake가 중복 작업을 줄여줍니다!
섹션 2 - 더욱 유용한 Snakefile 구축
섹션 2 - 더욱 유용한 Snakefile 만들기
챕터 4 - 규칙을 병렬로 실행하기
챕터 5 - 워크플로 시각화
챕터 6 - 와일드카드로 규칙 일반화하기
챕터 7 - 규칙 이름 대신 파일 이름을 Snakemake에 전달하기
챕터 8 - 새 게놈 추가하기
챕터 9 -
expand
로 파일 이름 목록 만들기
챕터 10 - 기본 규칙 사용하기
챕터 11 - 최종 Snakefile - 복습과 토론
섹션 3 - 첫 번째 Snakefile 이후
첫 번째 Snakefile을 넘어서
input:
및
output:
블록
와일드카드로 규칙 일반화하기
params:
블록과
{params}
expand
를 사용하여 파일 이름 생성하기
명령줄에서 규칙 실행 및 대상 선택
워크플로 실행 디버깅 기술 (그리고 문제 해결!)
Snakefile 기본 문법 규칙
워크플로 시각화 (DAG)
문자열 서식 지정 “미니언어”
설정(Config) 파일 사용하기
섹션 3b - 전체 예제
섹션 3b - 전체 예시 워크플로
세균 게놈의 변이 호출(Variant Calling) 전체 예시
세균 게놈 어셈블리 및 평가
완전한 RNAseq 분석 예제
섹션 4 - Snakemake 패턴 및 레시피
FASTQ 파일 서브샘플링
레시피: 대용량 파일을 쪼개서 병렬 처리하기 (Splitting)
레시피: 셸 스크립트의 for 루프를 Snakemake 규칙으로 교체하기
절대로 실패하지 않게 만들기 - 셸 명령이 항상 성공하도록 설정하는 법
레시피: FASTQ 파일을 정해진 레코드 수로 시각화하기 (params 함수 활용)
섹션 5 - 고급 기능
섹션 5 - 고급 기능
-j를 넘어 - snakemake 병렬화
리소스, 제약 조건 및 작업 관리
섹션 6 - Snakemake 기능 참조 가이드
섹션 6 - Snakemake 기능 참고 가이드
와일드카드 제약 조건(Wildcard Constraints)으로 매칭 제한하기
네임스페이스 (Namespaces)
부록
부록 개요
유닉스 셸 기초
Conda 및 Mamba 시작하기
핵심 개념
셸 스크립트 작성 기초
워크플로 친화적인 소프트웨어 작성하기
Python 기초
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섹션 3b - 전체 예시 워크플로
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Code
설정(Config) 파일 사용하기
세균 게놈의 변이 호출(Variant Calling) 전체 예시
Source Code
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