완전한 RNAseq 분석 예제

아래에서는 간단하지만 완전한 RNAseq 분석 워크플로를 제공합니다. 이 워크플로는 효모(yeast) RNAseq 리드 데이터셋 4개를 입력으로 받아 처음부터 끝까지 다음 작업을 수행합니다:

• 각 데이터셋에 대해 FastQC 보고서를 생성합니다.
• Trimmomatic으로 저품질 RNAseq 리드를 제거합니다.
• 트리밍된 리드에 대해 다시 FastQC를 실행합니다.
• salmon으로 각 데이터셋에서 코딩 시퀀스의 발현량을 정량화합니다.
• DESeq2로 샘플 간 유전자 발현을 불러오고, 정규화하고, 비교합니다.

이 워크플로가 변이 호출(variant calling) 및 어셈블리 워크플로와 구별되는 특징은, 처리 과정의 상당 부분이 R의 RMarkdown 파일 안에서 수행된다는 점입니다.

연습 문제

• 새로운 데이터셋을 추가해 보세요.
• 특정 유전자 이름으로 결과를 필터링하는 예제를 만들어 보세요.