부록 개요

이 부록 섹션에서는 Snakemake 워크플로를 구축하고 관리하는 데 도움이 되는 기초 지식들을 다룹니다.

Snakemake는 단순히 하나의 도구가 아니라, 유닉스 셸, Python, 패키지 관리자(Conda), 버전 관리 시스템(Git) 등 현대적인 데이터 분석 생태계 위에 구축되어 있습니다. 각 장에서는 워크플로 작성자가 알아두면 좋은 핵심 개념들을 간략하게 요약하여 제공합니다.

주요 내용

• 유닉스 셸 기초: 명령줄 인터페이스와 기본 명령어 사용법
• Conda 및 Mamba: 소프트웨어 환경 구축과 의존성 관리
• Git 기본 사항: 코드 버전 관리와 협업의 기초
• 셸 스크립트 작성: 텍스트 파일을 실행 가능한 스크립트로 만드는 방법
• 워크플로 친화적인 소프트웨어: 재현 가능한 분석을 위해 프로그램을 작성하는 요령
• Python 기초: Snakemake 문법의 근간이 되는 기초 Python 문법