유닉스 셸 기초

Snakemake는 기본적으로 셸 명령어들을 규칙(Rule)으로 묶어 실행하는 시스템입니다. 따라서 유닉스 셸(주로 Bash)에 익숙해지는 것이 워크플로 작성의 첫걸음입니다.

핵심 명령어 요약

명령어	설명	예시
pwd	현재 작업 디렉터리 경로 출력	pwd
ls	파일 및 디렉터리 목록 표시	ls -lh
cd	디렉터리 이동	cd data/
mkdir	새 디렉터리 생성	mkdir results
cp	파일 또는 디렉터리 복사	cp file.txt backup/
mv	파일 이동 또는 이름 변경	mv old.txt new.txt
rm	파일 또는 디렉터리 삭제 (주의!)	rm temp.log
cat	파일 내용 전체 출력	cat config.yml
head / tail	파일의 앞/뒤 부분 출력	head -n 20 data.csv
grep	텍스트에서 특정 패턴 검색	grep "ERROR" log.txt

경로 이해하기: 절대 경로 vs 상대 경로

• 절대 경로: 루트(/)부터 시작하는 전체 경로입니다. (예: /home/user/project/data.txt)
• 상대 경로: 현재 위치를 기준으로 한 경로입니다. (예: data/data.txt)
  • .: 현재 디렉터리
  • ..: 상위 디렉터리

입출력 리다이렉션과 파이프

Snakemake의 shell: 블록에서 자주 사용되는 기법들입니다.

• > : 결과를 파일로 저장 (기존 내용 덮어씀)
• >> : 결과를 파일 끝에 추가
• | (파이프) : 한 명령의 출력을 다른 명령의 입력으로 전달

# 예: fastq 파일의 줄 수를 세어서 파일로 저장
cat sample.fastq | wc -l > line_count.txt

유닉스 셸은 매우 강력하며, 이러한 기본 명령어들을 조합하여 복잡한 데이터 처리를 간단하게 수행할 수 있습니다.