챕터 10 - 기본 규칙 사용하기

이 섹션에서 Snakefile에 마지막으로 적용할 변경 사항은 기본 규칙(default rule)을 추가하는 것입니다. 이것이 무엇이고 왜 필요한지 살펴봅시다.

‘왜’ 부분이 더 쉽습니다. 지금까지는 Snakemake에게 실행할 규칙 이름이나 파일 이름을 정확히 제공해야 했습니다. 그렇지 않으면 Snakemake는 기본적으로 Snakefile의 첫 번째 규칙을 실행합니다. (파일 내 규칙의 순서가 중요한 것은 이것뿐입니다. 명령줄에서 규칙 이름이나 파일 이름을 지정하지 않으면 첫 번째 규칙을 실행합니다.)

이것은 불편한 점이 있습니다. 기억하고 입력해야 할 것이 한 가지 더 생기기 때문입니다. 일반적으로는 기본 규칙을 만들어 두어 snakemake -j 1만 실행해도 원하는 파일이 생성되도록 하는 것이 더 좋습니다.

방법은 간단하지만, 약간 다른 문법을 사용합니다. input:만 있고 shell:이나 output: 블록은 없는 규칙입니다. 다음은 파일의 맨 위에 위치해야 하는 기본 규칙의 예시입니다:

rule all:
    input:
        "compare.mat.matrix.png"

이 규칙이 말하는 것은 “나는 compare.mat.matrix.png 파일을 원합니다”입니다. 어떻게 만들지에 대한 지시는 없습니다. 그것은 파일의 나머지 규칙들이 담당합니다! shell: 블록이 없으므로 아무것도 실행하지 않고, output: 블록도 없으므로 아무것도 생성하지 않습니다.

로직은 간단합니다: 이 규칙은 해당 입력 파일이 존재할 때 성공합니다.

이것을 Snakefile의 맨 위에 배치하면, snakemake -j 1을 실행하면 compare.mat.matrix.png가 생성됩니다. 그 파일이 아닌 다른 작업을 하고 싶을 때만 명령줄에 규칙 이름이나 파일 이름을 지정하면 됩니다. 그 경우 rule all:은 무시됩니다.