Conda 및 Mamba 시작하기

생물정보학 도구들은 각기 다른 라이브러리 의존성을 가지고 있어, 여러 도구를 한 시스템에 설치하다 보면 충돌이 발생하기 쉽습니다. Conda(콘다)는 이러한 소프트웨어 설치와 환경 격리를 관리해 주는 강력한 도구입니다.

왜 Conda(또는 Mamba)인가요?

환경 격리: 각 분석 프로젝트마다 독립적인 소프트웨어 환경을 만들 수 있습니다.
쉬운 설치: 까다로운 컴파일 과정 없이 명령 하나로 대다수의 도구를 설치할 수 있습니다.
재현성: environment.yml 파일을 통해 다른 사람과 정확히 동일한 환경을 공유할 수 있습니다.

참고: Mamba는 Conda와 완전히 호환되면서도 훨씬 빠른 속도를 제공하는 최신 도구입니다. 가능하면 Mamba 사용을 권장합니다.

기본 사용법

1. 환경 생성 및 활성화

# 'myenv'라는 이름의 환경을 만들고 python 3.10 설치
mamba create -n myenv python=3.10

# 환경 활성화
conda activate myenv

2. 패키지 설치

Bioconda 채널은 생물정보학 도구들의 핵심 창고입니다.

# 도구 설치
mamba install -c bioconda snakemake sourmash

`environment.yml` 활용하기

Snakemake는 규칙(rule)마다 특정 Conda 환경을 자동으로 구성하고 사용할 수 있는 기능을 제공합니다.

# environment.yml 예시
name: myproject
channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults
dependencies:
  - snakemake=7.25.0
  - sourmash=4.8.2
  - pandas

이 파일을 프로젝트 폴더에 두고 다음 명령을 실행하면 모든 의존성이 포함된 환경이 만들어집니다.

mamba env create -f environment.yml

Snakemake 워크플로 실행 시 --use-conda 옵션을 주면 각 규칙에 정의된 환경을 자동으로 관리해 줍니다.

# Conda 및 Mamba 시작하기

생물정보학 도구들은 각기 다른 라이브러리 의존성을 가지고 있어, 여러 도구를 한 시스템에 설치하다 보면 충돌이 발생하기 쉽습니다. Conda(콘다)는 이러한 소프트웨어 설치와 환경 격리를 관리해 주는 강력한 도구입니다.

## 왜 Conda(또는 Mamba)인가요?

*   **환경 격리**: 각 분석 프로젝트마다 독립적인 소프트웨어 환경을 만들 수 있습니다.
*   **쉬운 설치**: 까다로운 컴파일 과정 없이 명령 하나로 대다수의 도구를 설치할 수 있습니다.
*   **재현성**: `environment.yml` 파일을 통해 다른 사람과 정확히 동일한 환경을 공유할 수 있습니다.

> **참고**: **Mamba**는 Conda와 완전히 호환되면서도 훨씬 빠른 속도를 제공하는 최신 도구입니다. 가능하면 Mamba 사용을 권장합니다.

## 기본 사용법

### 1. 환경 생성 및 활성화
```bash
# 'myenv'라는 이름의 환경을 만들고 python 3.10 설치
mamba create -n myenv python=3.10

# 환경 활성화
conda activate myenv
```

### 2. 패키지 설치
Bioconda 채널은 생물정보학 도구들의 핵심 창고입니다.
```bash
# 도구 설치
mamba install -c bioconda snakemake sourmash
```

## `environment.yml` 활용하기

Snakemake는 규칙(`rule`)마다 특정 Conda 환경을 자동으로 구성하고 사용할 수 있는 기능을 제공합니다.

```yaml
# environment.yml 예시
name: myproject
channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults
dependencies:
  - snakemake=7.25.0
  - sourmash=4.8.2
  - pandas
```

이 파일을 프로젝트 폴더에 두고 다음 명령을 실행하면 모든 의존성이 포함된 환경이 만들어집니다.
```bash
mamba env create -f environment.yml
```

Snakemake 워크플로 실행 시 `--use-conda` 옵션을 주면 각 규칙에 정의된 환경을 자동으로 관리해 줍니다.